Microbiote

Rencontre avec le microbiote intestinal, des bactéries amies pour la vie

Microbiote et bactéries, les grandes stars du moment, sous les feux de la rampe !

Radio, télévision, internet, revues et ouvrages divers… il est sur absolument TOUS LES SUPPORTS : le microbiote est LE SUJET BUZZ DU MOMENT. Et pour cause : les dernières décennies de recherche nous confirment qu’il intervient absolument à tous les niveaux et à chaque instant de notre vie.

 

Autant te dire qu’il va falloir que tu te mettes rapidos à la page si tu veux conserver le leadership dans ton bar de quartier, ou ces satanés altermondialistes amateurs de laitue risqueraient de prendre le contrôle.

« Here we go ! », comme disent nos voisins les rosbifs. Pas question de prendre du retard, on a du pain sur la planche.

 

Commençons par clarifier un point. Si le terme « microbiote intestinal » peut sembler complexe, pompeux, voir un brin trop scientifique, il n’en est rien. Sous cette appellation torride se cache en réalité la bonne vieille « flore intestinale » – qui je te l’accorde, faute d’offrir un design assez précis et moderne, nécessitait une mise à jour un peu plus pointue.

Pour rentrer vraiment dans le sujet, il désigne l’ensemble des micro-organismes vivants qui se trouve dans le système digestif humain. Oui oui, on parle bien des bactéries, champignons et autres babioles du genre qui squattent tes boyaux – si tu te sens déjà nauséeux à l’idée d’héberger une communauté de petits êtres, prend le temps de t’asseoir avant les chiffres, ça risque de secouer un peu.

* Le microbiote à la loupe

Si on regarde la balance, l’ensemble du peuple bactérien pour un individu représente… à peine moins de 2kg à la pesée. Et lorsque l’on traduit cela en chiffres, ça en devient carrément flippant.
Chacun d’entre nous abrite en effet près de 100 000 milliards de bactéries, soit environ 10 fois plus que les cellules qui nous composent – c’est la raison pour laquelle on entend souvent que l’homme est « à 90% bactérien ». En effet, chez un humain adulte, on recense plus de 160 espèces différentes ! De fait, on évalue le métagénome (nombre de gènes) de cette population bactérienne environ 150 fois supérieur au nôtre ; le microbiote intestinal compterait ainsi près de 3 millions de gènes.
Dernier truc à savoir : la densité de population n’est pas la même tout le long du tube digestif. Aussi, plus on se situe haut dans l’intestin (zone « propre » du système digestif) moins on rencontre de bactérie ; et plus on approche de la sortie, plus la population est concentrée. C’est dans le côlon qu’on atteint le « climax », avec près de 1011 bactéries par gramme de matière. J’espère que sachant ça, tu ne te sentiras plus jamais seul.

L’angoisse te saisit, ton souffle est court : ELLES SONT PARTOUT. Pas de panique car en réalité, c’est une super bonne nouvelle ! Promis juré craché, et si tu doutes encore, les prochaines lignes devraient achever de te rassurer.

Un organe à part entière, pour de multiples missions

Tu me diras, tant qu’à être blindé de microbes et bactéries des pieds au menton, autant que ça serve à quelque chose, non ?
Tu ne crois pas si bien dire, car c’est grâce à la présence de ces organismes vivants que tu es toi-même en vie, qu’on se le dise. Ton microbiote prend en charge tout un tas de fonctions que tu n’as toi-même pas eu besoin de développer : à ce titre, il peut être considéré comme un organe vital à part entière. D’ailleurs, le nombre de missions dans lequel il est impliqué est tout simplement renversant… et la science en découvre de nouvelles chaque jour.

Des fonctions digestives et métaboliques

Tu es strictement incapable de dégrader certains résidus alimentaires ? Pas de souci, ta flore intestinale va s’en charger pour toi. L’exemple le plus édifiant, c’est celui des fibres : l’organisme humain ne possède pas les enzymes nécessaires à leur dégradation. Ton microbiote va donc les fermenter et produira alors des gaz, mais aussi des acides aminés essentiels (plus particulièrement tyrosine et tryptophane) ainsi que les vitamines B et K qui, jusqu’alors, n’avaient pas pu être synthétisées par ton système digestif.

Non contentes de déjà réaliser pour toi cette tâche ingrate, tes amies les bactéries se positionnent également sur l’ensemble des missions que tu ne sais pas réaliser : hydrolyse des amidons et des polysaccharides, conversion de certains nutriments en produits assimilables, régulation des minéraux en excès (magnésium et calcium)… Bref, sans elles, il manquerait un paquet de rouages pour faire tourner la machine correctement.

Les bactéries de ton microbiote sont de véritables rouages de la machine digestive.
Le microbiote et ses bactéries, véritables défenses immunitaires, te protègent des intrus.

Des missions de protection

La flore intestinale, dans toute sa diversité, est également l’un des piliers du système immunitaire. Quand certains micro-organismes neutralisent eux-mêmes des polluants, d’autres luttent directement contre les infections de pathogènes. C’est par exemple le cas d’Eschicheria coli, si décriée lorsqu’elle est dans sa forme agressive – alors que l’on oublie trop souvent qu’elle sécrète gentiment sa propre substance bactéricide, nous protégeant en permanence des invasions d’indésirables.

Un rôle physiologique

Notre microbiote est capable d’influencer le fonctionnement global du corps ! Si on prend pour exemple le système digestif uniquement, certaines souches régulent directement la production de mucus protecteur (stimulant ou réduisant sa sécrétion au besoin), d’autres ont la capacité de booster la motricité intestinale, quand les troisièmes seront garantes de la bonne tenue des jonctions serrées de ta muqueuse (si tu veux en savoir plus sur ces sujets, précipite-toi sur l’article qui dit tout sur le fonctionnement de l’intestin grêle !).

Il serait bien impossible de lister toutes les fonctions de ton microbiote, tant elles sont diverses et variées. Mais ces quelques exemples peuvent te donner une idée d’à quel point le lien entre CE QUE TU ES À L’INTÉRIEUR et ce que tu es dans ta vie de tous les jours est indissociable.

Je suis EXACTEMENT en train d’affirmer ce que tu lis : le tas de bactéries qui vit à l’intérieur de toi détermine certes ton état de santé, la qualité de ton métabolisme, mais aussi une grande partie de la personne que tu es aujourd’hui. Mais avant d’explorer plus profondément cette théorie, il va nous falloir revenir un peu en arrière et faire un peu d’histoire.

Back to the origins : la genèse du microbiote

C’est lors de cette sainte journée, au terme d’un effort incroyable de ta mère en sueur, que tu as fait la connaissance de tes premières bactéries. Le jour de ta naissance, au milieu des cris et contractions, tu rencontres en effet la flore vaginale de ta mère juste avant même ton premier contact avec la lumière du jour. Celle-ci te colonise aussi sec et constitue les prémices de ce qui deviendra ton microbiote intestinal. Son développement est ensuite soutenu chaque jour grâce au lait maternel – mais aussi, de tout ce que l’enfant va expérimenter et goûter dans les premiers moments de sa vie !

 

Ainsi, le microbiote évolue très rapidement et se transforme au gré des « rencontres bactériennes » de l’enfant. Fonctionnel à partir de trois ans, il est donc témoin de notre histoire, et surtout une véritable carte d’identité de l’individu !
Parfaitement adapté à notre environnement et à nos habitudes, il est absolument propre à chacun… et continue d’ailleurs d’évoluer et de se spécialiser pour nous correspondre au mieux tout au long de la vie.

 

Une maman qui allaite, c'est un microbiote en fête ! Le lait maternel aide au développement de la flore intestinale de l'enfant.

* Coup de gueule : Foetus en colère !

On a répété 1000 fois à maman de ne pas boire d’alcool et de ne pas fumer de clopes pendant la grossesse. Ça tient la route, pas question d’intoxiquer le kid avant même qu’il ne vienne au monde. Aujourd’hui, c’est en porte-parole de tous les enfants à naître que je viens à rajouter une précaution au moins aussi importante : prends soin de ton alimentation, Maman !

C’est en effet toi qui, à travers ton microbiote, va me transmettre les bases de ce qui sera demain garant de la qualité de mon métabolisme et de mon immunité… alors fais moi plaisir, prends en soin ! Et pour toi qui ne saurait m’accoucher naturellement et choisira la césarienne, ou pour toi qui sera dans l’incapacité de m’allaiter, pense bien à me soutenir avec de bons probiotiques !

Un écosystème taillé sur mesure

Tu vas voir à quel point on ne mégote pas sur les mots ici, il est temps de faire péter le Larousse, à la page « écosystème ». On peut y lire : « Système écologique formé par un environnement et les espèces qui y vivent, s’y nourrissent et s’y reproduisent ». Et l’exemple le plus marquant d’écosystème complet, c’est sans nul doute la forêt. Tu doutes que je parvienne à trouver des points communs entre le contenu de ton bidon et un boisement amazonien ? Pari tenu, tu peux d’ores et déjà faire chauffer ton portefeuille.

 

Exactement comme la forêt, ton microbiote évolue au gré de son environnement, et s’adapte toujours au mieux pour en tirer le meilleur.
Dans le cadre de ton système digestif, l’élément le plus impactant susceptible de modifier le milieu, c’est évidemment ton alimentation. Elle constitue le carburant des bactéries, aussi pense bien que lorsque tu manges, tu ne nourris pas que toi !

Plusieurs études ont d’ailleurs très récemment confirmé cette hypothèse. En 2017, 188 individus du peuple Hazda, en Tanzanie, ont vu leur microbiote passé à la loupe au fil des saisons. Adoptant encore aujourd’hui une alimentation de chasseurs-cueilleurs, leur alimentation fluctue énormément au cours de l’année. Ils consomment ainsi des tubercules et des fruits toute l’année, auxquels ils ajoutent miel et baies en quantité à la saison humide, tandis que la viande a la part belle à la saison sèche. Les résultats de l’étude sont sans appel : ils présentent toute l’année un microbiote particulièrement adapté à la consommation de fibres (présentes non-stop en grande quantité dans leur alimentation). Pendant la saison sèche, lorsque leur consommation se diversifie et inclut la viande, la biodiversité de leur flore intestinale augmente aussi considérablement.

 

Au bilan : il existe bel et bien une saisonnalité dans le microbiote humain, et celui-ci évolue directement en fonction de l’alimentation qu’il reçoit.

* Une histoire de fibres

Une autre étude, menée par l’INRA en partenariat avec le CNRS de la région Rhône-Alpes, a récemment prouvée qu’une alimentation riche en fibres enrichit et stabilise le microbiote humain. Pour cela, ils ont soumis deux groupes d’étudiants en pleine forme à des régimes plus ou moins riches en fibres (40g / jour pour les premiers, 10g / jour pour les seconds). Sans surprise, il a été constaté que le groupe d’étudiants à l’alimentation la plus riche en fibre possédait un microbiote beaucoup plus diversifié. Or on sait désormais de source sûre que les cas d’obésité, de cholestérol ou de diabète vont généralement de pair avec une flore intestinale limitée. Ça donne envie de se mettre aux fruits et légumes, pas vrai ?


Mais ce n’est pas tout. Au sein du groupe « riche en fibres », les chercheurs ont également constaté une chute considérable de l’activité métabolique des bactéries qui se nourrissent de notre mucus intestinal bien aimé. En effet, ce délicieux mucus protecteur est rempli de glyco-protéines dont nos bactéries peuvent se nourrir quand elles ont un petit creux – ce qui, tu l’auras compris, n’arrange pas nos affaires. Mais, si on leur présente régulièrement leur ration de fibres et qu’elles s’en trouvent bien repues… Aucune raison qu’elles nous grignotent !

Les bactéries de ta flore intestinale coopèrent et oeuvrent ensemble pour ta santé.

J’espère que tu m’as préparé ton plus beau billet, car ma comparaison forestière ne s’arrête pas là.

 

Comme dans la forêt, les individus qui composent ton microbiote se comportent non pas comme des individus isolés, mais comme une somme d’espèces qui travaillent en parfaite collaboration et qui s’entraident ou se nourrissent les unes les autres.

 

Tout ça pour créer un équilibre subtil, mais absolument indispensable. Ainsi, certaines souches aérobies consomment l’oxygène pour que subsistent les bactéries anaérobies. Elles-mêmes dégradent des nutriments et libèrent des produits nécessaires à la survie d’autres espèces, etc. Exactement comme dans un milieu naturel, et c’est complètement normal !

Allons plus loin : si tu plantes des capucines dans la forêt, tu vas attirer les pucerons, qui sucent la sève. Les fourmis vont ensuite se pointer pour les aider à se multiplier, friandes qu’elles sont du miellat qu’ils produisent. La colonie de pucerons risque de séduire nos voraces amies les coccinelles… qui nourriront elles-mêmes des oiseaux et autres petits rongeurs. Ils produiront quant à eux des déjections qui fertiliseront le sol, et ça fera grandir la capucine.

 

Voilà comment se construit un écosystème : par l’interaction de plusieurs espèces qui ensemble, peuvent créer des synergies – inutile de le préciser, mais en aucun cas la baleine n’aurait su trouver sa place au milieu des pucerons et petits rongeurs !

Crois-le ou non, mais dans ton bidon, ça marche de la même façon. Tout comme on ne trouve pas d’otarie dans le désert ni de jaguar au fond de l’océan, il est impossible de trouver certaines bactéries quand le milieu leur est défavorable. En revanche, il est désormais possible d’identifier des « microbiotes types », appelés entérotypes, comportant des espèces de bactéries qui ont l’habitude de fonctionner ensemble, dans un milieu qui leur convient.

 

Ainsi, deux « signatures bactériennes » ont pu être mises en lumière par les chercheurs européens du projet MetaHit : on peut alors diviser les hommes selon qu’ils possèdent une majorité de Bacteroïdetes, ou de Prevotella (pour être précis, les premiers résultats conduisaient à ajouter une troisième catégorie, les Ruminococcus, qui a finalement été intégrée à la catégorie Bacteroïdetes). Les résultats de cette étude réalisée sur des individus venant des quatre coins du globe (comportant ou non des liens de parenté), nous confirment une chose : la constitution de la flore intestinale n’est pas fonction de l’âge, du sexe ou de l’hérédité, mais bien de notre alimentation !

De fait, en résumant grossièrement, il apparaît que les individus du genre Bacteroïdetes consomment en majorité des protéines animales ; quand les Prevotella préfèrent les fibres et hydrates de carbone, plutôt présents dans les céréales et les légumes. C’est alors sans surprise qu’on identifie une population nord-américaine à majorité de Bacteroïdetes, quand les centre-Africains présentent une majorité de Prevotella !

Les Bacteroïdetes sont les bactéries de ta flore intestinale qui kiffent la viande.
Les Prevotella, autres bactéries de ton microbiote, sont plutôt végétariennes.

* La punclhine à faire méditer les passionnés de barbac’

Le genre Bacteroïdetes est malheureusement associé à un risque accru de cancer du côlon – tristement familier dans nos contrées occidentales… et particulièrement aux Etats-Unis, où il est en effet le cancer le plus meurtrier. En revanche, cette pathologie est encore parfaitement inconnue au bataillon dans certaines régions, qui se nourrissent plutôt de produits végétaux et où le genre Prevotella domine !

Une bonne nouvelle : même si les principales composantes restent stables au cours de la vie, il est PARFAITEMENT POSSIBLE DE FAIRE ÉVOLUER SON MICROBIOTE par l’alimentation (et aussi par d’autres moyens).

 

PS : tu peux voir tout ça dans le détail en lisant très vite « Quand ça va mal… au microbiote : dysbioses, un problème de famille« .

Finalement, tous bactériens ?

J’imagine le bouleversement interne que tu es en train de subir. Toi qui prend deux douches par jour, qui passe tes toilettes 10 fois par semaine à la javel et qui fuit les lieux publics par peur d’y contracter la peste bubonique, je suis en train de t’expliquer que tu es essentiellement composé de bactéries. Pire, que tu vas devoir en prendre soin !? Crois bien que j’ai peine à t’infliger ça, j’ai l’impression de révéler à un enfant que le Père Noël n’existe pas – et d’ajouter qu’à l’âge de l’indépendance, il lui faudra travailler dur pour pouvoir s’offrir UN PETIT SAPIN.

Certes, le contact avec la réalité est parfois brutal – mais oh combien précieux, tu n’as pas encore idée. Et comme nous le dit Sacha Guitri, « Qui aime la vérité a le courage de la regarder en face ! ». Aussi il est l’heure de faire front et de plonger dans cette fin de chapitre comme on part à l’aventure : prêt à ouvrir les yeux sur un monde nouveau.

On a déjà beaucoup parlé de l’intime relation qui lie le microbiote avec notre organisme, notamment à travers le système digestif. Bien entendu, comme tu as pu le pressentir dès le début de l’article, cette relation ne s’arrête pas là ; nos aimées bactéries seraient beaucoup plus impliquées qu’elles n’y paraissent !

* Quand la médecine s’en mêle

Obésité, diabète, maladies inflammatoires de l’intestin, pourraient être soignées en améliorant sa flore intestinale ? S’il n’existe pas de certitudes absolues en la matière, toutes les études les plus récentes tendent à le confirmer.
On note en effet un déficit avéré d’un groupe de bactéries, les Faecalibacterium, chez les malades de Crohn – elles auraient un rôle anti-inflammatoire et protecteur de la muqueuse intestinale. D’autres part et à titre expérimental, on constate une diminution notoire du taux de récidive de ces malades après consommation de certaines levures comme Saccharomyce boulardii (présente dans la levure de bière).

Même combat pour les diabétiques de type 2 : dans leur cas ce sont leurs cellules qui posent problème et développent une résistance à l’insuline. Le glucose ne peut alors pas y être utilisé, le niveau de sucre sanguin s’élève donc à chaque bouchée – le malade doit alors artificiellement baisser sa glycémie par des traitements. Comme pour bien d’autres pathologies, la recherche confirme que le développement de cette résistance à l’insuline est directement corrélé à l’inflammation de la muqueuse intestinale. Hors, c’est bel et bien la qualité de notre flore intestinale qui nous tient loin des problèmes : on relève en parallèle une hausse significative de bactéries opportunistes et une chute des bactéries produisant le butyrate (facteurs du renouvellement cellulaire) chez ce type de patients.

 

Le cas de l’obésité permet d’élargir encore le champ d’action du microbiote. Les études menées sur des individus atteints confirment que leur microbiote présente un caractère particulier : l’augmentation des souches de Firmicutes modifie l’expression d’un gène de l’hôte, qui voit sa capacité à stocker les graisses nettement améliorée – jusqu’à l’excès. Pour confirmer cette théorie, des équipes de chercheurs ont inoculé le microbiote de souris obèses à des souris axéniques (initialement totalement dépourvues de flore intestinale). En seulement deux semaines, ces souris ont vu leur masse grasse augmentée de plus de 60% !

MAIS ALORS, CES FICHUES BACTÉRIES PEUVENT MODIFIER L’EXPRESSION DE NOS GÈNES ?

Tu peux tout de suite ranger la carabine – elle ne servira à rien – mais aussi flippant que ça puisse paraître, c’est exactement l’idée. En gros, en fonction de ce qui les arrange, elles vont faire évoluer ton corps dans un sens ou dans l’autre. Je n’ai pas dit qu’elles décidaient de tout mais… quand même, elles impactent beaucoup de choses. Et si elles peuvent te conduire à perdre ou prendre du poids, pourquoi elles n’iraient pas jusqu’à décider de tes goûts, de tes humeurs, ou de ton caractère tant qu’on y est ?!

 

La question est posée – et la réponse bouleverse. Qui n’a pas déjà lu ou entendu LA phrase tendance du XXI ème siècle : « l’intestin est notre deuxième cerveau » ? Pour le coup, je n’ai malheureusement rien à redire contre cette affirmation, si vulgairement tapageuse soit elle. Notre intestin comporte en effet plusieurs centaines de millions de neurones et possède son propre système nerveux (dit “entérique”). Celui-ci est DIRECTEMENT connecté au cerveau avec lequel il communique sans cesse via une véritable autoroute sensorielle, le nerf vague. Notre bidon transmet donc en permanence une quantité d’informations inimaginable, du type : « J’ai bien mangé, repose-toi ! », « Attention c’est toxique ! » ou encore « Pense à moi, j’ai la dalle ! ». Indications après indications, notre journée se précise et trouve son rythme entre les envies, la fatigue post-digestion, la pleine puissance ou l’allégresse !

Les bactéries de tes intestins influencent ta personnalité et la personne que tu es.
L’envie de braquer une pâtisserie peut tout à fait provenir de ton microbiote !

Le microbiote trouve alors ici une place de choix : nos redoutables copines les bactéries sont capables de sécréter des substances qui stimulent les différentes cellules de l’intestin, dont les neurones, qui vont eux-mêmes communiquer le message au cerveau. Ça manque un peu de glucose dans les tuyaux ? Ni une ni deux, ta flore intestinale va te le faire savoir, et tu vas te retrouver avec une de ces redoutables envies de sucre à en braquer une pâtisserie.

 

Mais le trip va encore plus loin. Si ta flore intestinale est dégradée ou en très mauvais état, il y a très peu de chance qu’elle envoie des messages hyper-positifs du genre « Je me sens trop bien ! » ou « J’ai une pêche d’enfer ! » à ton cerveau. Pire, elle est capable de communiquer tout le contraire… et entretenir des humeurs un peu grises, voir des états carrément dépressifs.

L’équipe de chercheurs canadiens dirigée par Stephen Collins a merveilleusement bien illustré la relation flore intestinale / caractère. En échangeant le microbiote de souris peureuses avec celui de souris aventureuses, il a pu constater que les deux groupes de souris… échangeaient aussi complètement leur comportement.

 

* Humour Brice de Nice, cuvée 2018

S’ils en sont déjà à l’étude de remèdes pour Parkinson, Alzheimer, et autres pathologies neurologiques, à quand les probiotiques pour soigner ton manque de personnalité ? #jtaicassé #ramassetesdents

Cette franche marrade écartée, il est temps de prendre une pause, respirer profondément, et mesurer toute l’ampleur du sujet. Si de ton corps ou de ton feeling tu pensais pouvoir tout contrôler, et bien c’est raté, va juste falloir s’y habituer. La réalité c’est que tu ressembles bien plus à une jungle équatorienne qu’à un arbre isolé ; mais réjouis-t’en car c’est de cette complexité que naît ta vitalité. Finis les raisonnements binaires du XIXème siècle du type « c’est aseptisé donc c’est sain », tu vas devoir remettre tes idées préhistoriques sur le billard : tu es toi-même un écosystème complet et évolutif, qui interagit sans cesse avec son environnement. De fait, ta santé physique comme mentale dépend directement de l’équilibre subtil de ce merveilleux microbiote – et la loi naturelle pour conserver l’équilibre d’un biotope c’est d’éviter les excès et de favoriser la diversité !

Mange de tout, envoie-toi de la fibre en pagaille, varie les expériences gustatives, et surtout fuis les tout ce qui ressemble à un « trop » : TROP gras, TROP sucré, TROP d’alcool, TROP de viandes, ou même TROP de thé vert ! En plus de retrouver la ligne et la bonne humeur, tes repas vont jour après jour se transformer en passionnantes aventures culinaires !

Empli d’une reconnaissance soudaine à l’égard de ta flore intestinale, tu ne vis plus que pour prendre soin d’elle ? Easy, il te suffit d’un clic, on va se faire plaisir tout de suite ! C’est parti pour « L’APÉRO-BIOTIQUE pour prendre soin de toute la clique ! »

 

 

 

Rédaction : Adrien Richard

Illustrations : Juliette Moitron

 

 

 

Sources :

 

ENDERS Giulia. Le charme discret de l’intestin. Broché, 2014. 368 pages.

 

Dr BERTHELOT Louis, Dr WARNET Jacqueline. Les secrets de l’intestin. LGF, 2015. 384 pages.

 

Dr PERLMUTTER, David. L’intestin au secours du cerveau. Marabout, 2016. 352 pages.

 

SONNENBURG, Erica & Justin. L’incroyable pouvoir de votre microbiote. Broché, 2016.

 

DORE, Joël & MARTEAU, Philippe. Le microbiote intestinal. John Libbey Eurotext, 2017. 352 pages.

 

INRA. Les pouvoirs extraordinaires du microbiote intestinal. Inra.fr. Janvier 2018

 

Le journal du CNRS. Microbiote : des bactéries qui nous veulent du bien. Janvier 2018

 

LABORATOIRE NUTERGIA SAS. Le microbiote. www.nutergia.com. Décembre 2017.

Check ton toubib !
 

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